Het FIM Wereldkampioenschap Supersport 1999 was het eerste seizoen van dit kampioenschap en telde elf wedstrijden. De eerste wedstrijd werd op 28 maart verreden op het Circuit Kyalami in Zuid-Afrika. De laatste wedstrijd werd op 12 september op de Hockenheimring Baden-Württemberg in Duitsland verreden. De Fransman Stéphane Chambon wist het kampioenschap te winnen met 153 punten.
Tijdens de race op Kyalami kwam de Zuid-Afrikaan Brett MacLeod op 23-jarige leeftijd om het leven bij een ongeluk.
WK-stand
Coureurs
|
|
| Kleur | Resultaat |
|---|
| Goud | Winnaar |
| Zilver | 2e plaats |
| Brons | 3e plaats |
| Groen | Gefinisht, in de punten |
| Blauw | Gefinisht, geen punten |
| Niet geclassificeerd (NC) |
| Paars | Niet gefinisht (DNF) |
| Rood | Niet gekwalificeerd (DNQ) |
| Niet voorgekwalificeerd (DNPQ) |
| Zwart | Gediskwalificeerd (DSQ) |
| Wit | Niet gestart (DNS) |
| Teruggetrokken (WD) |
| Race geannuleerd (C) |
| Leeg |
Niet deelgenomen |
| Uitgesloten (EX) |
Vet – Pole position
Schuin – Snelste ronde |
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
.svg.png){kind=small}
Yamaha
· 
· 