Dit is een lijst van zoogdieren met Nederlandse namen met als beginletter van hun wetenschappelijke naam een E.
| Wetenschappelijke naam | Eerste keuze | Overige Nederlandse namen | Commentaar |
| Echimys chrysurus | Surinaamse goudrat | | |
| Echinoprocta rufescens | Bergstekelvarken | | |
| Echinops telfairi | Kleine egeltenrek | | |
| Echinosorex gymnura | Grote haaregel | Spitsrat | |
| Echymipera clara | Clarabuideldas | | |
| Echymipera kalubu | Kortstaartbuideldas | | |
| Ectophylla alba | Witte vleermuis | | |
| Eidolon dupreanum | Madagaskarpalmvleerhond | | |
| Eidolon helvum | Palmvleerhond | | |
| Eira barbara | Tayra | | |
| Elaphodus cephalophus | Kuifhert | dwergmuntjak | |
| Elaphurus davidianus | Pater-Davidshert | Miloe | |
| Elephantulus brachyrhynchus | Kortneusolifantspitsmuis | Kortsnuitsengi | |
| Elephantulus edwardii | Kaapse olifantspitsmuis | Kaapse sengi | |
| Elephantulus intufi | Zuid-Afrikaanse olifantspitsmuis | Bushveldsengi | |
| Elephantulus myurus | Oostelijke rotssengi | | |
| Elephantulus revoili | Somaliolifantspitsmuis | Somalisengi | |
| Elephantulus rozeti | Noord-Afrikaanse olifantspitsmuis | Noord-Afrikaanse sengi | |
| Elephantulus rufescens | Rosse olifantspitsmuis | Rosse sengi | |
| Elephantulus rupestris | Klipolifantspitsmuis | Westelijke rotssengi | |
| Elephas maximus | Aziatische olifant | | |
| Eliomys melanurus | Woestijnslaapmuis | | |
| Eliomys quercinus | Eikelmuis | | |
| Eliurus penicillatus | Witpluimstaarteilandrat | | |
| Ellobius fuscocapillus | Zuidelijke aardlemming | | |
| Ellobius talpinus | Blinde woelmuis | noordelijke aardlemming | |
| Enhydra lutris | Zeeotter | | |
| Eonycteris spelaea | Grottenvleerhond | | |
| Eothenomys melanogaster | Zwartbuikwoelmuis | | |
| Eozapus setchuanus | Chinese huppelmuis | | |
| Epixerus ebii | Grote roodschenkeleekhoorn | | |
| Epomophorus gambianus | Gambiaanse epaulettenvleerhond | | |
| Epomophorus wahlbergi | Wahlbergvleerhond | | |
| Epomops buettikoferi | Büttikovervleerhond | | |
| Epomops franqueti | Franquetvleerhond | | |
| Eptesicus bottae | Botta's vleermuis | | |
| Eptesicus fuscus | Grote bruine vleermuis | | |
| Eptesicus nilssoni | Noordse vleermuis | | |
| Eptesicus serotinus | Laatvlieger | | |
| Equus asinus | Ezel | Wilde ezel | |
| Equus burchelli | Steppezebra | | Ook bekend als E. quagga. |
| Equus caballus | Paard | | |
| Equus grevyi | Grévyzebra | | |
| Equus hemionus | Halfezel | Onager | |
| Equus kiang | Kiang | | |
| Equus zebra | Bergzebra | Kaapse bergzebra, Kaapse zebra | |
| Eremitalpa granti | Woestijngoudmol | | |
| Eremodipus lichtensteini | Lichtensteinspringmuis | | |
| Erethizon dorsatum | Noord-Amerikaans boomstekelvarken | Urzon, boomstekelvarken, Oerzon | |
| Erignathus barbatus | Baardrob | | |
| Erinaceus amurensis | Amoeregel | | |
| Erinaceus concolor | Oost-Europese egel | Oostelijke egel | |
| Erinaceus europaeus | Egel | West-Europese egel | |
| Erythrocebus patas | Huzaaraap | patas | |
| Eschrichtius robustus | Grijze walvis | | |
| Eubalaena australis | Zuidkaper | | |
| Eubalaena glacialis | Noordkaper | | |
| Eubalaena japonica | Grote oceaannoordkaper | | |
| Euchoreutes naso | Grootoorspringmuis | | |
| Eudorcas rufifrons | Koringazelle | Zorin | |
| Eudorcas rufina | Noord-Algerijnse gazelle | | |
| Eudorcas thomsonii | Thomsongazelle | | |
| Eulemur albifrons | Witkopmaki | | |
| Eulemur coronatus | Kroonmaki | | |
| Eulemur fulvus | Bruine maki | Bruine lemure, Zwartkopmaki | |
| Eulemur macaco | Zwarte maki | Zwarte lemure, Akoemba, Moormaki | |
| Eulemur mongoz | Mongozmaki | Mongoz, Bruine maki | |
| Eulemur rubriventer | Roodbuikmaki | | |
| Eulemur rufus | Roodkopmaki | | |
| Eumetopias jubatus | Stellerzeeleeuw | Stellers zeeleeuw | |
| Eumops perotis | E. perotis californicus: Mutsvleermuis | | |
| Euoticus elegantulus | Zuidelijke kielnagelgalago | Kielnagelgalago | |
| Euoticus pallidus | Noordelijke kielnagelgalago | | |
| Eupetaurus cinereus | Rotsvlieghoorntje | | |
| Euphractus sexcinctus | Zesbandgordeldier | Zesgordelig gordeldier, Tatoe | |
| Eupleres goudotii | Mierencivetkat | Falanooka, Kleine falanoek, Falanoek | |
| Euroscaptor micrura | Himalayamol | Aziatische mol | |
| Euryzygomatomys spinosus | Guiara | | |