De Bezirksklasse Magdeburg-Anhalt 1939/40 was het zevende voetbalkampioenschap van de Bezirksklasse Magdeburg-Anhalt, het tweede niveau onder de Gauliga Mitte en een van de drie reeksen die de tweede klasse vormden. De competitie begon al onthoofd. Door het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog trokken de teams uit de regio Harz en Altmark zich terug. De competitie ging ook pas van start in december 1939.
Fortuna Magdeburg werd kampioen en nam deel aan de promotie-eindronde, maar moest hier SpVgg Zeitz en SC Apolda voor laten gaan, waardoor ze in Bezirksklasse bleven.
De kampioenen van de 1. Kreisklasse namen het tegen elkaar op. De kampioen van Altmark verzaakte aan deelname. Doordat de competitie werd uitgebreid promoveerden alle drie de clubs.
· 
· 