International Code of Nomenclature of Prokaryotes
De International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP) of, korter, Prokaryotic Code regelt de nomenclatuur (wetenschappelijke naamgeving) voor prokaryoten, tegenwoordig ingedeeld in bacteriën en archaea.
Oorspronkelijk werden prokaryoten benoemd volgens de botanische nomenclatuur. Vanaf 1958 werd de International Code of Nomenclature of Bacteria and Viruses gehanteerd. Later werd dit de International Code of Nomenclature of Bacteria (ICNB), of Bacteriological Code, en nu de International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP), of Prokaryotic Code.
Er werd een speciaal wetenschappelijk tijdschrift voor opgericht: het International Bulletin of Bacterial Nomenclature and Taxonomy, later voortgezet als International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) en thans als International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM).[1]
Op de Prokaryotic Code wordt toezicht gehouden door het International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP); vroeger het International Committee on Systematic Bacteriology (ICSB). De Prokaryotic Code stelt de regels vast voor de naamgeving van de taxonomische groepen van prokaryoten (maar zie blauwalgen) en regelt de positie van de taxonomische rangen ten opzichte van elkaar.
Met 1 januari 1980 als ijkpunt zijn alle bestaande namen herzien; van de op 1 januari 1980 bestaande namen mogen alleen de namen in de Approved Lists of Bacterial Names (eenmalig vastgesteld, met een "Corrigenda" in 1984) nog gebruikt worden. Voor een naam van 1980 of later zal de ICSP vaststellen of deze voldoet aan de regels, zo ja dan wordt deze gepubliceerd in het International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM). Een naam van 1980 of later is alleen geldig gepubliceerd na publicatie in het IJSB / IJSEM.
Cyanobacteriën
Er was lange tijd onzekerheid rond de naamgeving van cyanobacteriën (blauwalgen) omdat deze onder twee verschillende Codes te benaderen was. Cyanobacteriën waren historisch beschouwd als algen, en bleven onderdeel van de botanische nomenclatuur nadat de bacteriën onder de Bacteriological Code ondergebracht waren. Aangezien de regels voor geldige publicatie en typificatie niet gelijk waren zou dit tot problemen kunnen leiden.[2][3]
Om dit op te lossen werden in de loop der jaren drie benaderingen vergeleken: cyanobacteriën volledig onder de botanische Code houden, ze volledig onder de Code voor bacteriën te brengen, of namen die botanisch geldig gepubliceerd zijn voortaan automatisch ook erkennen onder de Code voor bacteriën. In 2021 koos de ICSP voor de derde optie. Dit betekent dat alle cyanobacteriën nu onder de prokaryotische nomenclatuur behandeld kunnen worden, maar dat namen die volgens de botanische regels geldig zijn gepubliceerd, zonder verdere aanpassingen worden overgenomen.[4]
Overigens heeft de ICNafp de bepalingen omtrent cyanobacteriën niet aangepast: namen voor cyanobacteriën kunnen nog steeds behandeld worden volgens de ICNafp.
Revisie van 2022
De revisie van 2022 had grote gevolgen voor namen in de rangen fylum (stam), klasse en onderklasse. Voortaan moet een naam van een fylum eindigen op -ota en gevormd zijn van de naam van het typegeslacht. Vele namen in de rang van fylum hielden op te bestaan; ze werden vervangen door andere, veelal nieuwe namen.
- Voorbeeld: Euryarchaeota eindigt wel op -ota, maar is niet gevormd op basis van de naam van het typegeslacht. De naam Euryarchaeota is niet geldig gepubliceerd (met terugwerkende kracht: de naam heeft nooit bestaan). De correcte naam is Methanobacteriota, gevormd naar het typegeslacht Methanobacterium.
Een verdere emendatie in 2023 voegde ook de rangen domein en rijk toe onder de formeel door de ICNP geaccepteerde rangen.
Database
Sinds 1997 wordt een online database bijgehouden, de "List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature" (LPSN), met de namen die (al dan niet) beschikbaar zijn voor gebruik. Sinds 2020 wordt deze database gehost bij het DSMZ.
Literatuur
Externe links
Edities
- International Code of Nomenclature of Bacteria (1990 Revision)
- International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2008 Revision), 11 januari 2019
- International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision), 23 mei 2023
- "Emendation of Principle 8, Rules 5b, 8, 15, 33a, and Appendix 7 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the categories of kingdom and domain", 1 november 2023 [aanvulling op de revisie van 2022]
Overig
- List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, sinds 2020 bij DSMZ
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
- International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP)
- PHA Sneath, A short history of the Bacteriological Code 2003 [?]
- VBD Skerman, Vicki McGowan & PHA Sneath, Approved Lists of Bacterial Names (Amended), 1989
- ↑ (en) Sneath P. (2003). A short history of the Bacteriological Code
- ↑ (en) Oren, A. (2011). Cyanobacterial systematics and nomenclature as featured in the International Bulletin of Bacteriological Nomenclature and Taxonomy / International Journal of Systematic Bacteriology / International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61 (1): 10–15. PMID 21097637. DOI: 10.1099/ijs.0.018838-0.
- ↑ (en) Oren A, Ventura S (2017). The current status of cyanobacterial nomenclature under the "prokaryotic" and the "botanical" code. Antonie van Leeuwenhoek 110 (10): 1257–1269. DOI: 10.1007/s10482-017-0848-0.
- ↑ (en) Oren A, Arahal DR, Rosselló-Móra R, Sutcliffe IC, Moore ER (2021). Emendation of General Consideration 5 and Rules 18a, 24a and 30 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to resolve the status of the Cyanobacteria in the prokaryotic nomenclature. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71 (8): 004939. DOI: 10.1099/ijsem.0.004939.